정부는 2012년도 세법개정안에 수산 관련 정책의 변화도 포함시켰다. 이에 따라 뱀장어 관세 조정과 함께 면세유 제도도 대폭 개선했다.

정부는 뱀장어 관세조정과 관련 산업경쟁력 제고 차원에서 뱀장어 기본관세율을 조정했다. 현행 실뱀장어(마리당 0.3g 이하, 양식용에 한함) 기본 관세율이 0%이고 이외 기타는 10%로 규정돼 있다. 

정부는 이번 제도 개선을 통해 관세율을 세분화했다. 따라서 현행 실뱀장어 기준은 그대로 존속시켰지만 새끼뱀장어(0.3g/마리 초과~50g/마리 이하, 양식용에 한함)는 5%, 기타는 10%로 조정했다. 적용시점은 2013년 1월 1일 이후 수입신고하는 분부터다.

이처럼 일부 기본관세율을 인하한 것은 새끼뱀장어의 경우 간척지 매립, 하구둑 건설 등으로 인해 최근 국내 실뱀장어 포획량이 급감함에 따라 어려움에 처해있는 뱀장어 양식산업을 지원하기 위해 이뤄졌다.

당초 양식용 종자를 실뱀장어로 한정해 관세율 0%를 적용했으나 실뱀장어 공급이 급감함에 따라 양식용 종자 인정 범위를 새끼뱀장어까지 확대해 기본관세율을 10%에서 5%로 인하 추진했다. 실뱀장어 포획량은 1980년대 4000kg이었다가 2011년에는 1300kg까지 떨어졌다.

수산자원이식협의회도 2011년 실뱀장어 공급 감소에 대응해 양식용 종자 인정범위를 기존 실뱀장어에서 새끼뱀장어까지 확대했다.

정부는 면세유 관리제도도 크게 개선했다. 제도개선의 핵심은 면세유 통합관리시스템 구축이다. 정부는 면세유 공급절차 등을 통합적으로 관리하는 전산시스템을 구축하고 국세청장은 면세유 관련기관 등으로부터 면세유 공급물량, 면세확인자료 등을 제공받도록 했다.

또한 외항선박·원양어선용 석유류 면세 신청시 ‘면세유 공급명세서’를 제출토록 하는 등 이같이 제도를 새롭게 마련했다.

용도별로 산재돼 있던 면세유 공급절차 등을 통합적으로 관리·분석하는 전산시스템 구축을 2013년까지 추진하기로 했다.

농·수협, 관세청 등 유관기관은 면세유 공급실적·발급내역 등을 국세청에 제공하고, 국세청은 관련 자료를 전산으로 통합 관리하는 방식을 채택했다.

전산시스템 구축에 따라 면세유 공급물량·조세감면액 실적 사후관리와 관련자료 전산대사를 통한 부정수급 방지를 도모하는 것이다. 

또 보세운송업자등의 행정제재(업무정지·등록취소 등) 사유를 기존에 ‘거짓이나 부정한 방법으로 등록, 관세법·관세법에 따른 명령을 위반한 경우’ 등에다 ‘조세범처벌법의 면세유 부정유통에 따른 과태료 처분을 부과받은 경우’도 포함시켰다. 석유판매업자의 면세유 취급제한 기간을 현재 3년에서 5년으로 연장했다.

농업기계 보유현황 신고주기를 농·어업기계 보유현황 신고주기에 어업기계 부문을 추가하고  어업용 화물차 1년, 어업기계 2년으로 규정했다.  이에 따라 면세유 공급명세서는 영 시행일 이후 면세 신청분부터, 행정제재는 2013년 1월 1일 이후 과태료 처분을 받은 자부터, 취급제한은 2013년 1월 1일 이후 감면세액 추징사유가 발생하는 분부터 각각 적용토록 했다.

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